その一方で九州ではこれらの高速道路網から離れた都市との地域間格差も生じており、特に大分県沿岸部・宮崎県北部・鹿児島県沿岸部でその傾向が顕著であるため、九州自動車道を補完する目的で九州の東側沿岸に東九州自動車道、八代海沿岸に南九州西回り自動車道（南九州自動車道）の建設が進められている。
熊本県八代市以南は八代海沿岸を通過する国道3号や肥薩おれんじ鉄道線（かつての鹿児島本線一部区間）とは並行せず、霧島連山直下を長大トンネルで貫く短絡ルートとなっている（このルートは肥薩線にほぼ並行する）。
九州を南北に結ぶ高速交通網として機能しており、加えて長崎自動車道・大分自動車道・宮崎自動車道と接続することで那覇市（沖縄県）を除く九州の各主要都市を相互に連絡する高速交通網としても機能している。
九州の中央部よりやや西側を、南北にほぼ直線に貫く形で建設されており、大部分が国道3号や鹿児島本線と並行する。
福岡市と九州の県庁所在地間には数多くの高速バス路線網が設定され、九州自動車道を走行中には多くの高速バスを目にすることができる。
北九州・福岡大都市圏の基幹道路となる八幡IC-南関IC間は、全区間で交通量が4万台以上で、区間によっては9万台を超えるなど、全国的に見ても交通量が多い。
鹿児島IC
鹿児島北IC
鹿児島IC
門司IC
新門司IC
小倉東IC
北九州JCT
小倉南IC
八幡IC
若宮（九州道）IC
古賀IC
福岡（九州道）IC
太宰府IC
筑紫野IC
鳥栖JCT
久留米IC
広川（九州道）IC
八女IC
南関IC
菊水IC
植木IC
熊本IC
益城熊本空港IC
御船IC
松橋IC
八代IC
八代JCT
人吉IC
えびのIC
えびのJCT
栗野IC
横川IC
溝辺鹿児島空港IC
加治木IC
姶良IC
薩摩吉田IC
鹿児島TBIC